Le NTFS est pris en compte sous Linux, et il est préférable d'utiliser ce format plutôt que le FAT32 qui est limité à une taille de fichier de 4 Go.
Voir avec Gparted si le disque est vu, et s'il n'y a pas de point d'exclamation sur la ligne du disque dur. Si point exclamation, cela veut dire que le format n'est pas correcte pour Gparted, et il arrive de des disques formatés sous Windows ne soit pas vu correctement, et en général après un formatage sous Gparted, les disques sont vus correctement sous Linux et Windows.
Le seul problème sous Linux quand on formate un disque c'est qu'il est en mode admin, il faut changer les droits à la racine du disque.