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Concernant, votre problème de https, je viens de faire un test en m'envoyant un mail contenant ce lien
https://fr.wikipedia.org/wiki/Emmabunt%C3%BCs et quand je clique dessus dans Thunderbird, cela ouvre le lien dans Firefox, et je vois la page en question et j'ai fait cela sur une version 32 et 64 bits.
Par contre, n'arrivant pas reproduire votre problème, je vais avoir du mal à vous aider.
Je ne vois pas pourquoi vous avez installé Thunderbird, puisqu'il y a dans Emmabuntüs DE 1.02 Icedove, qui va suite à une mise à jour se transformer en Thunderbird tout simplement.
Pour ma part, sur mes ordis, je n'ai pas désinstallé Evolution, et j'ai fait les mises à jour et Thunderbird a remplacé Icedove, comme c'est prévu dans Debian. Sinon, il vous faudra attendre après le 28 août que nous mettions en ligne Emmabuntüs DE 1.03 qui contient Thunderbird par défaut. Si vous désirez tester cette version merci de m'envoyer votre adresse mail via cette page de contact :
http://fr.contact.emmabuntus.org