Il a été remonté à plusieurs reprises des problème sur le changement du fond d'écran, et
que celui-ci soit conservé après une redémarrage. Pour ma part, je ne le voyais pas sur ma version, mais en testant sur une version fraîchement installée le bug est bien présent.
Ce bug a été identifié ici par exemple :
http://forums.debian.net/viewtopic.php?t=134541#p654418 avec un correctif de xfdesktop4 (4.12.3-4) qui n'a pas encore été intégré à Stretch qui est toujours en version 4.12.3-4.
Sinon pour changer le fond d'écran, il y a cette méthode qui fonctionne en utilisant Thunar. Donc sous Thunar en se positionnant sur une photo, faire un clic droit et cliquer sur "Définir comme fond d'écran" (voir copie d'écran).
Cela va changer le fond d'écran de tous les bureaux. Pour le faire que sur un seul bureau allez sur le bureau et clic droit sur "Paramètres de bureau", puis décochez "Appliquer à tous les espaces de travail" (voir copie d'écran), et en vous positionnant sur chaque espace de travail lancez Thunar et renouvelez l'opération pour changer vos fonds d'écran. Il faut bien penser à fermer Thunar entre chaque changement d'espace de travail, sinon vous modifier l'écran sur lequel Thunar a été ouvert.